A diferencia de otras áreas del laboratorio, la automatización del laboratorio de microbiología no ha sido fácil, sin embargo, es una necesidad clínica para mejorar el manejo de pacientes críticos.

Para lograr este objetivo, fue necesario optimizar la productividad y flujos de trabajo, partiendo desde la fase pre-analítica, pasando por los diferentes test de identificación y susceptibilidad, hasta la fase post-analítica, que es en gran medida la que se ha automatizado a través de la informatización de los resultados. 

Los sistemas automatizados para el diagnóstico de enfermedades infecciosas acortan este tiempo, porque mejoran la sensibilidad analítica de los métodos, es decir, son capaces de detectar el desarrollo bacteriano en una suspensión, con y sin antimicrobianos, antes que el profesional  pueda detectar turbidez. 

El VITEK 2 Compact es una plataforma automatizada  de BioMérieux, que permite la identificación de levaduras, bacilos gram negativos, cocos gram positivos, microorganismos fastidiosos y anaerobios.

 Es un sistema  de identificación y estudio de sensibilidad antimicrobiana, basado  en la inoculación de una suspensión de microorganismos provenientes de un cultivo microbiano puro, en tarjetas miniaturizadas con determinados paneles de reacciones bioquímicas, que  realiza la identificación ya que es capaz de detectar la utilización de los diversos sustratos por método colorimétrico. 

La sensibilidad antimicrobiana se lleva a cabo en forma similar a través de tarjetas que contienen diluciones estandarizadas de distintos antibióticos correspondientes a los puntos de corte de sensibilidad establecidos por el Instituto de Estándares Clínicos y de Laboratorio (CLSI). Este equipo, por método espectrofotómetro o nefelómetro, según la variación de crecimiento de las bacterias, es capaz de determinar los patrones de Memorias y la Identificación Microbiana (ID) y las pruebas de sensibilidad a los antibióticos (AST). El equipo opera en combinación con el Sistema Experto Avanzado (AES), compuesto por una amplia base de datos (aproximadamente 2000 fenotipos y unas 20.000 distribuciones de CIM) que permite validar los resultados de sensibilidad detectando fenotipos de resistencia de gran parte de las bacterias de interés clínico en aproximadamente 13 horas, lo que provee beneficios para la elección de la terapéutica y para el análisis epidemiológico.

Los sistemas automatizados ofrecen múltiples ventajas para el diagnóstico microbiológico de las enfermedades infecciosas, provocado un impacto positivo, que se traducen en una disminución significativa del tiempo de emisión de los resultados para el diagnóstico de las enfermedades infecciosas y en un incremento de la positividad de los hemocultivos. Así  mismo, estos sistemas automatizados han permitido la detección de los fenotipos enzimáticos de resistencia de las principales bacterias de interés clínico.